カイコガ標準脳の作成手法(第2版)
ここではカイコガを例に標準脳の作成手順を紹介すると共に,データベースに登録された脳のニューロパイルやニューロンを抽出(セグメンテーション)し,標準脳に登録(レジストレーション)する方法を解説する。
標準脳とは?1)画像処理ソフトウェア環境 Fiji
本体プログラムに加え、以下のプラグインをインストールしておく。
・NIfTI画像ファイルの読み込み,書き出し(nifti_io.jar)
・最大エントロピー法による背景と物体の分離(Entropy_Threshold.class)
・薄板スプライン(Thin-plate spline)変換によるニューロン形態データのレジストレーション(NeuroRegister_.jar)
・抽出した組織,細胞画像からの形態モデル作成(IntSeg_3D.jar)
2)セグメンテーションソフト ITK-SNAP
3)ニューロンのセグメンテーションソフトウェア SIGEN
データファイル
「昆虫の脳をつくる」で使われているデータファイル、処理結果のファイルのアーカイブです。