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カイコガ標準脳の作成手法(第2版)

ここではカイコガを例に標準脳の作成手順を紹介すると共に,データベースに登録された脳のニューロパイルやニューロンを抽出(セグメンテーション)し,標準脳に登録(レジストレーション)する方法を解説する。

標準脳とは?
 
標準脳は平均形状、位置関係を示す脳画像及び地図です。カイコガ脳については、共焦点レーザー顕微鏡によって得られた脳画像から平均の脳形状を求め、これに脳組織画像をレジストレーションすることによって作成されました。この画像は、ニューロパイルやトラクトの抽出、脳組織のレジストレーションなどにすることができます。
 
準備
 
ソフトウェア

1)画像処理ソフトウェア環境 Fiji
 
本体プログラムに加え、以下のプラグインをインストールしておく。

・NIfTI画像ファイルの読み込み,書き出し(nifti_io.jar)

・最大エントロピー法による背景と物体の分離(Entropy_Threshold.class)

・薄板スプライン(Thin-plate spline)変換によるニューロン形態データのレジストレーション(NeuroRegister_.jar)

・抽出した組織,細胞画像からの形態モデル作成(IntSeg_3D.jar)


2)セグメンテーションソフト ITK-SNAP

3)ニューロンのセグメンテーションソフトウェア SIGEN  KNEWRiTE
 

データファイル

「昆虫の脳をつくる」で使われているデータファイル、処理結果のファイルのアーカイブです。

データファイルアーカイブ

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