カイコガ標準脳の作成手法（第２版）
ここではカイコガを例に標準脳の作成手順を紹介すると共に，データベースに登録された脳のニューロパイルやニューロンを抽出（セグメンテーション）し，標準脳に登録（レジストレーション）する方法を解説する。
標準脳とは？標準脳は平均形状、位置関係を示す脳画像及び地図です。カイコガ脳については、共焦点レーザー顕微鏡によって得られた脳画像から平均の脳形状を求め、これに脳組織画像をレジストレーションすることによって作成されました。この画像は、ニューロパイルやトラクトの抽出、脳組織のレジストレーションなどにすることができます。
準備
ソフトウェア
１）画像処理ソフトウェア環境 Fiji
本体プログラムに加え、以下のプラグインをインストールしておく。
・NIfTI画像ファイルの読み込み，書き出し(nifti_io.jar)
・最大エントロピー法による背景と物体の分離(Entropy_Threshold.class)
・薄板スプライン(Thin-plate spline)変換によるニューロン形態データのレジストレーション(NeuroRegister_.jar)
・抽出した組織，細胞画像からの形態モデル作成(IntSeg_3D.jar)
２）セグメンテーションソフト ITK-SNAP
３）ニューロンのセグメンテーションソフトウェア SIGEN
データファイル
「昆虫の脳をつくる」で使われているデータファイル、処理結果のファイルのアーカイブです。
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