Fijiを起動し，共焦点連続画像（FusedNeuron1.tif）と標準脳画像(SBimageP.tif)読み込み，表示します。脳内組織が見えにくい場合には，明るさ及びコントラストをImage→Adjust→Brightness&Contrastで調整して下さい。

共焦点連続画像（FusedNeuron1.tif）と標準脳画像（SBimageP.tif）それぞれの画像ウィンドウをアクティブにしてPlugins→NeuroRegister→Name Pointを選択しNeuroRegisterを起動してみて下さい。これらの画像については，すでにランドマークポイントが設定してあるので，自動的にFused_Neuron1.points, SBimageP.pointsが読み込まれ、表示されるはずです。

この例ではランドマークを指定したファイルが事前に作成されているので（.pointファイル），その情報が自動で読み込まれるが，自分でランドマークを再設定する場合には，以下のように行います。

まず，Tool bar上のPoint Toolを選択します。この状態で，共焦点連続画像と標準脳画像で対応するランドマーク点にPointを設定します。画像によって撮影方向（正面／背面）が異なることがあるので注意して下さい。この時、対応点を正確に取らないと誤差が大きくなるため、この操作は特に注意深く行う必要があります。当然ながら、脳の解剖学的構造を事前に理解していると対応点が探しやすいです。

選択したランドマーク点の座標は、NeuroRegisterウィンドウ上の「Named Point」ボタンで登録していきます。必要に応じて「Rename」ボタンでランドマーク点に自分のわかりやすい名前を付けると良いでしょう。このNeuroRegisterウィンドウ上の操作は、共焦点連続画像，標準脳画像，双方のウィンドウで行っていきます。